有機肥可以供給作物養分和活性物質，提高光合作用強度 有機肥料在土壤中不斷礦化的過程中，能持續較長時間供給作物的多種營養元素，同時還可供給多種活性物質，如氨基酸、核糖核酸、胡敏酸和各種酶等。尤其在家畜、家禽糞中酶活性特別高，是土壤酶活性的幾十倍到幾百倍，既能營養植物，又能刺激作物生長，還能增強土壤微生物活動，提高土壤養分的有效性。在有機肥料分解過程中，產生大量CO2供作物進行碳的同化，植物的光合作用強度在CO2濃度范圍內，隨CO2增加量直線上升。據北京、福建等地的試驗證明，增加CO2的濃度能使作物增產10%以上。有機肥料中含有豐富的碳源，對作物生長、提高產量有重要意義。
有機肥可以提高土壤肥力 土壤有機質是衡量肥力水平的主要標志之一，是土壤肥力的物質基礎，是補給和更新土壤有機質的物質來源。施用有機肥料時：
(1)不斷補充被消耗的有機肥料。單靠化學肥料，不要幾年，土壤結構就遭到破壞而板結。
(2)不斷提高土壤有機質含量。我國大部分地區土壤有機質含量都比較低，除東北黑土地區有機質含量較高，可達2.5%～7.5%外，像華北、西北地區大部分低于1%，華中、華南一帶水田有機質含量稍高，達1.5%～3.5%。此外，旱地地區很少能達到2%以上的，其中耕地有機質含量0.5%以下的，還占我國現有耕地面積的10.6%。
(3)不斷更新土壤有機質。有機肥料轉化為土壤有機質約占土壤有機質年形成量的三分之二，可見要補充有機肥料才能不斷更新土壤有機質。很顯然，施用有機肥料提高土壤肥力非常重要。
有機肥可以改善土壤理化性質 有機肥料進人土壤后，經微生物分解，縮合成新的腐殖質，它能與土壤中的粘土及鈣離子結合，形成有機無機復合體，土壤中水穩性團粒結構的形成，從而可以協調土壤中水、肥、氣、熱的矛盾。降低土壤容重，改善土壤的粘結性和粘著性，使耕性變好。
由于腐殖質疏松多孔，其粘著力和粘結力比粘土小，比砂土大，因而既可以提高粘性土壤的疏松度和通氣性，又可改變砂上的松散狀態。腐殖質的顏色較深，可以提高土壤的吸熱能力，改善土壤熱狀況。腐殖質疏松多孔吸水蓄水力強，可以提高土壤的保水能力。
